Mitsubishi comercializará dos transmisiones según la versión. El Lancer GSR contará con la caja manual de 5 desarrollos, mientras que el MR utilizará la de doble embrague Twin Clutch SST. El funcionamiento de esta última es similar al utilizado por otras marcas (como el DSG de Volkswagen), y se basa en la colocación de las marchas impares en un eje y las pares en otro.

Esta caja puede utilizarse de forma manual (con levas en el volante) o totalmente automática con tres modos de gestión de cambio: Normal, Sport o Super Sport. El primero de ellos elimina las sacudidas del cambio de marcha para favorecer el tacto, el segundo eleva el régimen de cambio y el tercero lo lleva hasta la máxima velocidad de giro. Estos modos son exclusivos del cambio y no afectan a otros parámetros como la rigidez de la suspensión o la precisión de la dirección.

La caja que lleva la versión básica (GSR) se caracteriza sobre todo porque ha eliminado la marcha atrás para ahorrar peso.